Najważniejsze organy to Rady Fundacji i Protektor (rada protektorów). Rada fundacji rodzinnej prowadzi sprawy fundacji rodzinnej i reprezentuje ją na zewnątrz. Odpowiada za realizację celów fundacji rodzinnej oraz bieżące ustalanie stanu płynności finansowej i wypłacalności fundacji rodzinnej. Także ona informuje beneficjenta, w formie pisemnej, o przysługujących mu uprawnieniach.

Rada fundacji rodzinnej składa się co najmniej z jednego członka. Członkiem rady fundacji rodzinnej może być także beneficjent, z tym, że łącznie beneficjenci nie mogą posiadać więcej niż połowę głosów w radzie fundacji rodzinnej. Takie rozwiązanie wymusza profesjonalizację działań Rady. Udział zewnętrznych ekspertów może mieć duże znaczenia dla podejmowania racjonalnych decyzji, nie opartych na rodzinnych emocjach.

Powołania i odwołania członków rady fundacji rodzinnej dokonuje fundator, a po śmierci fundatora protektor albo rada protektorów, jeżeli została ustanowiona. W przypadku braku fundatora, protektora i rady protektorów powołania i odwołania członków rady fundacji rodzinnej dokonuje zgromadzenie beneficjentów. W kontekście zabezpieczenia majątku na pokolenia istotne będzie powołanie odpowiedniego protektora.

Członkowie rady fundacji rodzinnej mogą pełnić swoje funkcje za wynagrodzeniem. Wysokość wynagrodzenia nie powinna przekraczać wynagrodzenia odpowiadającemu wykonanej pracy. Obowiązek obsady co najmniej połowy członków rady spoza grona beneficjentów, a także dopuszczalność wynagradzania ich pracy umożliwi na powołanie profesjonalnych doradców w skład rady.

Fundator w statucie może powołać protektora albo radę protektorów. Pełnią oni funkcje nadzorcze w stosunku do rady fundacji rodzinnej poprzez kontrolę przestrzegania prawa, statutu i regulaminu.

Protektorem albo członkiem rady protektorów może być osoba fizyczna. Protektorem albo członkiem rady protektorów może być także beneficjent, z tym, że łącznie beneficjenci nie mogą posiadać więcej niż połowę głosów w radzie protektorów.

Powołania i odwołania protektora albo członków rady protektorów, dokonuje fundator, a po śmierci fundatora, zgromadzenie beneficjentów. Istotne jest zatem określenie zasad powoływania protektorów, albowiem ich zadaniem będzie bieżący nadzór nad przestrzeganiem celów powołania fundacji. Odpowiednio wybrani protektorzy będą realizować wizję fundatora, a ich głównym zadaniem będzie nadzór nad realizację podstawowego celu fundacji – ochrony i zarządzania majątkiem rodzinnym, celem wspierania przyszłych pokoleń beneficjentów.

Protektor bądź członkowie rady protektorów fundacji rodzinnej mogą pełnić swoje funkcje za wynagrodzeniem. Wysokość wynagrodzenia nie powinna przekraczać wynagrodzenia odpowiadającemu wykonanej pracy. Nie można pełnić jednocześnie funkcji członka rady fundacji z funkcją protektora albo członka rady protektorów.